“以县为主”的义务教育行政管理体制改革，要求县政府要确保中小学教职工工资的足额发放。按照规定，农村中小学教职工工资要县里集中管理，2001年国家统一规定的工资项目和标准将农村中小学教职工工资总额上划到县，调整县、乡财政体制，由县按照国家统一规定的工资项目和标准，统一发放农村中小学教职工工资。同时，《中华人民共和国教师法》中也规定，县级政府安排使用上级的工资性转移支付资金、农村税费改革转移支付资金和一般性转移支付资金，首先要用于保证农村中小学教职工工资。
“以县为主”的义务教育行政管理体制改革，并不意味着所有的责任都由县一级政府独担，中央、省级和地市级政府要做好转移支付工作。中央政府要建立合理、顺畅的转移支付制度，确保资金到位，这样才能保证义务教育彻底走出“由农民埋单”“以乡为主”的旧路，推动农村义务教育发展；省级和地市级政府要统筹安排解决财力困难县农村中小学教职工工资的发放问题，实行省长（市长）负责制，根据各县财力状况和保障力度，增加工资性转移支付资金。