但是，随着晚年他对身后之事焦虑愈多，他的用人行事变得愈发烦苛，对臣下的猜疑防制也愈加严重，终于酿成“两宫夺嫡之争”和“三大士族俱废”之大错，为孙吴政权亲手埋下了种种隐患。
总结起来，他在晚年的用人方略上存在着“四大弊病”。
信用酷吏而压敛臣权
孙权在开基建吴之后，一时自以为外无大敌、内政平和，遂开始着意贪求强势皇权，对臣下的职权多方侵蚀。
他仿效曹操，大张申、韩法家之术，设置“校事府”，提拔各类酷吏，对臣下百般牵制。《三国志·吴书·顾雍传》写道：
久之，吕壹、秦博为中书，典校诸官府及州郡文书。（吕）壹等因此渐作威福，遂造作榷酤障管之利，举罪纠奸，纤介必闻，重以深案丑诬，毁短大臣，排陷无辜，（顾）雍等皆见举白，用被谴让。
《三国志·吴书·潘濬传》也记载：
时校事吕壹操弄威柄，奏按丞相顾雍、左将军朱据等，皆见禁止。
吕壹等人其实只是孙权用以压敛臣权的政治“黑手套”。他在晚年启用这些酷吏，完全是为了打压公卿大夫而扩张吴室皇权。像魏国内部陈矫竟敢据理抗君、孙礼竟敢违旨行义等现象，孙权是决不容忍类似情况出现在自己吴廷之上的。但酷吏们“擿抉细微、吹毛求疵、重案深诬，辄欲陷人以成威福”（摘自《三国志·吴书·步骘传》）等劣行也进一步恶化了孙吴的君臣关系，造成政局动荡，容易引发内讧外患。