1943年1月，因功绩卓著，朱可夫被晋升为苏联元帅。在此后的战略反攻阶段中，朱可夫又直接组织和协调实施了白俄罗斯战役、维斯瓦河—奥得河战役以及柏林战役，最后率领苏联红军捣毁法西斯的老巢柏林。在柏林他代表苏军最高统帅部接受德军投降，在战争中显示出卓越的统帅才能。
战后，由于战功显赫和自身性格的缺点，朱可夫遭到斯大林的猜忌。1946年索科洛夫斯基接替他任驻德苏军司令，朱可夫就任苏联陆军总司令。1947年，朱可夫遭到斯大林的指责，被派到远离莫斯科的敖德萨军区任司令员，后来又被贬到战略位置更加次要的乌拉尔二级军区任司令员。
1953年朱可夫被召回莫斯科，但斯大林随即去世，所以无从证实朱可夫被召回的原因。斯大林死后，朱可夫参与逮捕贝利亚的行动，因此成为国防部第一副部长。1955年朱可夫出任苏联国防部部长。1956年朱可夫负责制定了入侵匈牙利的计划。1957年赫鲁晓夫与莫洛托夫、布尔加宁等人发生矛盾，后者在主席团会议上要求赫鲁晓夫辞职，赫鲁晓夫要求召开党中央全体会议。