基督教来华后并没有融入中国社会，相反，中西思想观念的差异造成了中国百姓和教会组织的严重对立。中国人普遍无法理解陌生的西方信仰和建立在信仰之上的一系列言行，进而排斥甚至仇视。比如，神父对婴儿的洗礼，在中国人看来就不人道；男女杂处和沉默的苦修也不为人理解；至于人体器官标本更是让笃信“身体发肤，受之父母”的中国人感到震惊。而教会不断吸收教民，破坏了由乡绅主导的传统社会结构，威胁到了各个社会阶层的稳定和利益。不少地方上的无赖地痞混入教会，挟洋人威风欺负同胞，遭人鄙弃，被蔑称为“吃教者”。凡此种种，莫不给中国人的民族情绪火上浇油。
面对严重的仇视情绪，教会组织并没有积极做好解释和沟通，他们忽视了周围广大中国人的观感。比如，中国百姓怀疑教会挖人的“眼珠”泡在玻璃瓶里，其实那是神父和修女们在腌制大蒜。如果平日注意交流，类似的谣言根本就不会兴起。
当时中国士大夫阶层的做法颇令人玩味。可能是在历次战争中被列强打怕了，凡是遇到教案，官府中人几乎都采取息事宁人、委曲求全的做法。但不在位的士绅阶层，则“不谋其政”，一心维护既有的社会结构和自身特权，或隐身幕后怂恿、或走到台前鼓动百姓反洋排教。他们喊起民族主义口号来，比基层民众更漂亮、更响亮。