其次是海门，蓬莱水城的海门建造得极为狭窄，大约只有十几米宽。考虑到当时北方主要使用的是一些较为细长的沙船，因此这个宽度倒也能够让这些三十多米长，但是只有几米宽的大船通过。
这种沙船技术的优点是建造和使用的经验都较为成熟，同时也能在近海多礁石的海域安全行驶。不过，明代的沙船虽然经过一系列改良，但抗风浪能力依然相对较差，以至于当时的胶辽海道是“岁由海道以达辽东，多为风波飘没，民被其害，而军不沾实惠”。
在这种情况下，蓬莱水城的船只建造也并没有多少技术进步，甚至没有不断补充船只，蓬莱水城内的水师也未能长期保持运输通畅和高强度军备。因而到了嘉靖年间，随着卫所兵制的进一步衰落，在辽东半岛和胶东半岛之间、登莱两府眼皮子底下的众多岛屿上，“亡命交匿于诸岛，时时出剽掠”。