黄宗羲虽不愿入仕，但对于清王朝编著《明史》还是表现出了极大的支持。他将自己多年搜集的史料交给自己的得意门生万斯同，令他呈交给徐元文，还让自己的儿子黄百家进京参与修史。在清廷编著明史期间，每当遇到重大疑难问题时，史官们总是通过书信请黄宗羲指教；有时派人千里送稿，求他审正修改，才算定论。黄宗羲对此极为热心，每次都详细地解答、回复。
黄宗羲活到八十多岁寿终，一直到死他都没有入仕清廷。虽然康熙皇帝多次下诏，聘请他做官，但都被他以各种借口推辞了。然而对于中国历史文献的保存等事情上，黄宗羲仍然尽心协力地辅助清廷，作出了自己的贡献。不仕清廷，这是私，编著《明史》，这是公，黄宗羲公私分明，受到后世人们的敬仰。
然而，在当时，很多人对黄宗羲的做法不以为然，认为他既然自诩忠于明朝，不仕清廷，又何必帮助清廷编著《明史》，也有人认为，康熙治国，顺天应人，黄宗羲不仕新朝，实在是拘泥不化。
