他登基之初，大明的朝政状况还不错，朱厚熜曾经问时任首辅的大学士李时：太仓的存款情况如何？李时回答说：陛下！您放心，可以用好几年呢！多亏了陛下早些年大搞裁员，把那些只领工资不干活的闲人都给优化掉了。听完汇报，朱厚熜想起了让自己痛恨许久的杨廷和，当年是他振臂一呼，砸碎了许多人的铁饭碗。利益受损的人多恨他呀！但缓解了财政赤字，如今，不正享受着当年杨廷和当时铁腕的成果吗？从这个角度看，他还是有值得肯定的地方的。
然而，到嘉靖中期、后期，国库存款日益减少，户部尚书这个岗位越来越难当了。嘉靖三十年（公元1551年），亏空接近四百万两；嘉靖三十三年（公元1554年），亏空二百五十多万两；看见这些吓人的数字，朱厚熜大吃一惊，要求户部严控费用支出，每隔两月，就要把财务报表交上来给他御览。即便如此，嘉靖四十三年（公元1564年）国库还是亏空一百一十多万两。王铮亮唱了：时间都去哪儿了？朱厚熜也得唱一句：银子都去哪儿了？这还用问，当然是被花掉了。到底是哪几个吞金兽花了呢？