明中叶以后，书院的逐步兴盛与学校教育的败坏有关。在科举日重、学校益轻的情况下，学校生员无心向学，读书之事形同具文。面对学校教育的衰败，一些理学家为拯救时弊，纷纷创设书院，以弥补学校教育的不足。明人时偕行在《明德书院记》中，也谈到书院之设的作用：“凡以萃俊而专业也。业专则理明，理明则士习端，而知向方。是书院者，辅学以成俊者也。”王守仁兴复讲学以后，流风所被，倾动朝野，于是缙绅之士与遗逸之老，竞相联讲会，立书院，借以商讨学问，传播自己学派的观点。不同学派的讲学，宗旨各异，促进了学术的争鸣与交融。这种争鸣的风气，也大大推动了书院的复兴。另外，一些著名学者去世后，他们的弟子往往也创办书院，筑祠奉祀。如王守仁去世后，他的门人邹守益在嘉靖十三年（1534年）分别建复古、连山、复真书院以祀守仁。湛若水足迹所至，必建书院以祀白沙（即陈献章）。这从表面看，似乎是对学派宗师的怀念，但实际上却反映着时代学术思想和教育实践的变化，对书院教育的发展也起着推波助澜的作用。