、（二）理在气先说。他说未有这事，先有这理。理与气本无先后之可言，然必欲推其所从来，则须说先有是理。冯友兰说，理是就逻辑言，为超时空而不变者，如尚未有舟车之时，舟车之理已先在。所谓发明舟车，不过发现舟车之理而依之以做出实际的舟车，即舟车概念之实例而已。这是晦庵学说的精确诠释。（三）理全气偏说。晦庵所谓理，是完全的，但具体的事物所禀受之气，则每每偏而不全。人物之性，即人物所禀之理，理无不善，即性无不善。人物所禀之气，有清有浊，有多有少，有偏有正，有通有塞。得气之正且通者为人，偏且塞者为物（但他又说，以气言之，人与物不异，以理言之，人之性特别高贵）。就人而言，禀气清明者为圣人，浑浊者为愚人，因此他的心性说，是认为性是心之理，理与气合，方才有心之灵明。心又包含情与才，情是心之动，才是心之力，情之流而至于滥者，则为欲。性是天理，即“道心”。欲是人欲，即“人心”，或称为私欲。因此导出他的修养论，即去人欲，存天理。（四）格物致知说。晦庵的修养方法有两方面：一方面是格物致知，一方面是居敬养心。格物致知，即是穷理。穷理之要，必在读书。要能穷究各种事物之理，才能使吾心中之知明朗化（他认为万物之理本已具备在人心中，仍不脱“万物皆备于我”的神秘思想），而去掉人欲的蒙蔽。居敬，只是整齐收敛这身心，不使放纵，并不是要闭目静坐，不接触事物。但他也教人静坐，使心思专一。又说日间所理会而得的，入夜即须涵养。他以为常存个敬在这里，则人欲自然来不得。他论政治，以为三代之治，完全合乎天理，汉唐之治，虽有暗合乎天理之处，而主要是出于人欲之私，这就是王霸的分别。所以治国平天下，也以修养为本。晦庵的格物致知说，主要的意义确如冯友兰所说，是修养方法，不过附带有科学精神在内，因为他认定理在事物中，非穷究则不能明白。他的违反科学处，在于一方面认定万物之理客观存在着，另一方面又误认万物之理具备于人心之中，误认圣人可以“生而知之”。所以有些人认为他是心物二元论者，又有些人认为他是唯心论者。但如说他是唯心论者，他的“即物穷理”又不合于唯心论，所以受陆王派的攻击。