为大唐立下不世奇功的李靖懂得君王的心意，此后，他“阖门自守，杜绝宾客，虽亲戚不得妄进”。最终保得了一个善终。
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尽管对待大臣们玩弄权术熟稔于心，但在生命中的倒数第六年，太子李承乾的密谋造反案，却给了这位父亲以重重一击。
贞观十七年（643年），李世民的第五子齐王李祐发动叛乱，失败后李祐本人被赐死，然而在审理齐王叛乱案的过程中，却无意中牵连出了太子李承乾，以及李世民的弟弟汉王李元昌的联合谋反案。
尽管自己也是通过血腥政变上台，但当太子李承乾的谋反事实被无意中揭露出来时，李世民仍然内心震撼，他随后命令长孙无忌、房玄龄、萧瑀、李勣等重臣迅速组成联合调查组进行审查，在证明太子造反属实后，李世民与群臣商议如何处治太子李承乾，席间没有人敢说话。
最终，通事舍人来济提出一个处理原则说：“陛下不失为慈父，太子得尽天年，则善矣！”于是，李世民的异母弟弟汉王李元昌被赐死，李承乾则被从太子废为庶人，并流放到黔州（今重庆彭水）。
在李承乾被废后，李世民的四子、魏王李泰一度成为太子一位的最有力竞争者，为了全力打压其他竞争对手，李泰开始对包括李治在内的其他皇子威逼恫吓，在获悉李泰的所作所为后，李世民最终痛下决心，决定上演一番苦肉计。