在国际舆论的强大压力下，蒋经国的态度开始逐渐发生改变，他开始思考：为什么有那么多的国际人士支持那些“反动分子”呢？于是，蒋经国召集自己的幕僚，问他们该如何处理这件事情，那些“反动分子”是应该直接判处死刑呢？还是网开一面？结果，他的幕僚们也反对实施死刑，一位幕僚直接对蒋经国说：“当年黄花岗72位烈士最大的殉葬者就是清王朝，我们今天不能再犯同样的错误。”
可惜的是，台湾当局最后还是决定用“军事法庭”来审理此案。不过，为了平息民众的情绪，台湾当局决定让庭审过程全程公开，允许岛内岛外人士前来旁听，并同意被告委托律师辩护。1月4日，蒋经国在《中央日报》上发文，直接给“美丽岛”事件定了性质，他指出：“高雄暴力案件的发生非常不幸，这是一桩‘法律’案件，对于涉嫌分子自应‘依法’秉公处理，尤其对于首、从应明确区分，毋枉毋纵。在高雄的暴力案件发生后，‘政府’一定‘依法’处理，今后不会影响我们推动‘民主法治’的既定政策及决心。‘民主法治’之路，是我们一定要走的路。”为了进一步平息民愤，蒋经国还坚持要好好开一次庭并全程录像，这样才使得媒体有了有史以来第一次进入军事法庭的机会。