但加入论争的人越来越多，御史台长官吕诲上书“请中书、枢密院合议”，把事情越闹越大。中书“陈升之、韩绛议与安石略同”，枢密院长官吕公弼也表态支持王安石，但另一长官文彦博则支持司马光。
两派都不让步，神宗最后想听听宰相富弼的意见。
富弼政治经验丰富，知道这个事情吵不出所以然，他本想凭老资格语重心长地劝王安石放弃自己的观点，但“安石不可”，富弼被搞得没面子，“乃辞以病”，装病养老去了。
结果这个案子吵来吵去，一吵就是一年多。
神宗志在强国，吸取“濮议之争”的教训，不想在这个事上再浪费唾沫，所以亲自判决减免阿云死罪，持反对意见的“刘述、丁讽、王师元”等人“皆贬”。
最终结果出来后，司马光大为恼火，他等于在和王安石的竞争中全面失败。他唠叨说：“阿云之狱”，中等水平的官员就可以断决，现在搞了这么长时间，反复不一，“争论纵横，至今未定”，是因为没有弄明白“纷争辨讼”的原则，应该是“非礼不决”。“阿云之事，陛下试以礼观之”，只要用“礼”来考察，“岂难决之哉”！现在却搞得“弃百代之常典，废三纲之大义”，结果就会“使良善无告，奸凶得志”，岂不是因为阿云的一条小命“而忘其根本”了吗？