大崑麓汛 归东港汛分防，设兵五，裁存四，今设一名。
小琉球汛 光绪三年新设，驻兵三十名。
澎湖水师左营
妈宫澳东汛 旧系专汛官，管辖炮台一座，汛兵二十八名，战船一只，配兵五十名。改设把总一员，兵二十一名。
新城汛 归东汛分防，设兵六名。
嵵里汛 炮台一座，汛兵十五名，按季轮派千把总一员，战船一只，配兵六十名驻防。改设外委一名，兵十四名。
文良港汛 按季派外委一名，战船一只，配兵五十名协防，改归嵵里汛分防，设兵十一名。
风柜尾汛 改归嵵里汛分防，设兵四名。
将军澳汛 炮台一座，汛兵二十八名，按季轮派千把总一员，战船一只，配兵五十名协防。改设把总一员，兵十六名。
挽门汛 炮台一座，汛兵二十八名，按季派外委一名，战船一只，配兵五十名协防。改归将军澳汛分防，设兵八名。
水埯汛 炮台一座，汛兵二十八名。改归将军澳汛分防，设兵八名。
澎湖水师右营
妈宫澳西汛 旧系专汛官，管辖炮台一座，汛兵二十八名，战船一只，配兵五十名。改设外委一名，兵十七名。
新城汛 归西汛分防，设兵六名。
内堑汛 炮台一座，汛兵二十八名，按季轮派千把总一员，战船二只，配兵一百名驻防。改设把总一员，兵二十二名。