高等教育学在不同的发展时期，人们对其研究采用的范式不同。学科建立初期，以构建学科体系为目标，形成了“体系范式”;在提倡应用研究的时代，高等教育研究又采用“实效范式”;在对高等教育进行反思的时期，高等教育研究又出现了“文化范式”,以解决学科的归属问题；在高度关注个性发展的时代，高等教育研究又以“个性范式”为主。③2001年，潘懋元先生主编的《多学科观点的高等教育研究》出版，此后，多学科研究范式成为高等教育研究的主导方式。有学者认为，多学科范式无疑适合当下高等教育研究，但放眼高等教育的未来，随着知识的“链变”与“裂变”以及学科的分化与融合，高等教育研究范式必将从“多学科范式”转向“跨学科范式”。④
高等教育学要想成为一门独立的学科，有没有独特的研究方法也成为人们关注的焦点。对此问题，学者们由两种不同的认识：一是主张高等教育学自身没有独特的研究方法；二是认为高等教育学应当有特殊的研究方法。⑤对此问题，潘懋元先生认为，高等教育学的独特研究方法可能就是多学科的研究方法。①也有学者认为，在建立高等教育学的过程中，我们过分追求研究方法，可能被实用主义和功利主义心态所俘虏，使得高等教育学反而离科学越来越远，使得高等教育学的想象力与解释力大打折扣，这也是社会科学诸多学科走过的弯路。②在高等教育学的学科建设中，移植其他学科的研究方法是不可避免的，但要体现出自身的特殊性，在表达方式上需要有原创精神，创造出具有学理性、专业性的适当贴切的新术语。③还有学者借助现象学的方法，从具体高等教育问题入手，对高等教育具体“实事”进行描述分析，以此理解高等教育本质和高等教育主体的意义、情感和兴趣。④这些方法无疑对于我们提升高等教育学的研究品位、拓宽高等教育学的研究视域、深化高等教育学的研究具有重大意义与价值。